Pese a los múltiples intentos jurídicos y mediáticos para deslindarse de las vulneraciones a derechos humanos que ha caracterizado al Caso Ayotzinapa, al día de hoy, Tomás Zerón está acusado de tortura.
El 1 de mayo de 2016, el GIEI entregó una serie de recomendaciones a la PGR sobre la noche-madrugada de Iguala. Entre ellas se solicitó investigar las denuncias por malos tratos y tortura al momento de interrogar a los testigos. Semanas después, en julio la PGR dijo que tenía seis averiguaciones abiertas por este delito.
Días previos al segundo aniversario del Caso Ayotzinapa, el 15 de septiembre de 2016, Tomás Zerón renunció a su cargo sin informar razones concretas de la decisión. Según reportó The New York Times fue “un funcionario de la PGR” quien dijo que la finalidad era reparar la relación con las familias de los normalistas, que, al lado del GIEI, desde abril de ese año demandaron la destitución de Tomás Zerón por irregularidades.
En septiembre de 2019, El Universal compartió que el extitular de la AIC, “presenció, en interrogatorios, agresiones contra detenidos”. Sin embargo, este tipo de denuncias ya tenían un par de años en la agenda de medios como Animal Político y Desinformémonos que el 1 de octubre de 2015 publicó una nota titulada “Indicios de tortura a testimonios clave del Caso Ayotzinapa”, en la que se informó sobre las lesiones que presentó Patricio Reyes Landa “El Pato”, integrate de Guerreros Unidos, puesto a disposición del Ministerio Público a finales de octubre de 2014.
En septiembre de 2016, Open Society Foundations publicó un texto en el que detalló que además de Reyes Landa, “otros 90 sospechosos detenidos durante la investigación fueron torturados para hacer confesiones falsas sobre lo que hicieron y vieron”.
Para inicios de abril de 2022, después de saberse de la visita de Alejandro Encinas a Israel, diarios internacionales ya se referían a Zerón como un prófugo de la justicia acusado de desaparición forzada y tortura. Un año y meses más tarde, a finales de septiembre de 2023, Alejandro Encinas, comunicó que Tomás Zerón se amparó ante un Tribunal de Ciudad de México para que su nombre no se mencione en acusaciones vinculadas al Caso Ayotzinapa.
En un documental estrenado en 2024 por la BBC Zerón expresó: “La instrucción que teníamos era de agotar todos los recursos para poder llegar a la verdad y saber dónde estaban en ese momento los estudiantes […] Yo era el jefe de la Agencia de Investigación Criminal. Yo no tenía necesidad de torturar a nadie”.