De acuerdo con la cronología del Centro Prodh, fue el 13 de mayo de 2015 cuando el Instituto Nacional de Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales (INAI) ordenó a la PGR entregar la versión pública de la investigación de la desaparición de los 43 estudiantes así como las declaraciones de los 36 militares entrevistados. Esta decisión fue tomada por el pleno en febrero del mismo año. A inicios de junio, el organismo también solicitó la facilitación de los indicios periciales.
Entre agosto de 2015 y junio de 2016, otras de las instituciones y autoridades a las que el INAI solicitó la publicidad informativa fueron la Policía Federal y la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena).
Como bien recordó el doctor en Derecho Carlos María Pelayo Moller (Universidad Nacional Autónoma de México, UNAM), la Ley Federal de Transparencia y Acceso a la Información Pública señala que “la información relacionada con graves violaciones a derechos humanos y crímenes de lesa humanidad debe estar al alcance de quien la solicite, y por lo tanto no puede ser reservada”. De acuerdo con el académico, en el Caso Ayotzinapa, han sido dos las resoluciones con las que el INAI ha desempeñado un papel clave.
La primera resolución atendió a una solicitud sobre fotos y registros del Ejército mexicano en Iguala, la bitácora del 26 de septiembre de la Sedena. En respuesta, la Sedena señaló que esa información no era asunto de su competencia. El INAI intervino y argumentó que la Sedena sí tenía responsabilidad en atender a la solicitud, pues la institución se desempeña en funciones de seguridad pública.
La segunda resolución fue tras la negativa de la PGR a proporcionar una copia de la averiguación previa de los sucesos de Iguala la noche-madrugada del 26 y 27 de septiembre de 2014. Al recibir esta solicitud, la PGR argumentó que no podía proporcionar información porque era de carácter reservado y que, además, los hechos no eran un caso de violación a los derechos humanos ni de lesa humanidad. En respuesta, el INAI subrayó que la desaparición de los 43 estudiantes y los asesinatos extrajudiciales presentaban una considerable “magnitud y violencia” y se citaron observaciones realizadas por la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH), la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) y la Corte IDH.
En septiembre de 2022, la FGR solicitó la cancelación de 21 de las 83 órdenes de aprehensión que la unidad de investigación de los hechos de Iguala; de las 21 órdenes canceladas, al menos 16 eran contra militares, como reportó el periodista Pablo Ferri (El País). El 5 de febrero de 2023, el INAI ordenó a la FGR informar sobre el tema: “Se determinó que la FGR no acreditó haber hecho una búsqueda exhaustiva de la información solicitada, ni brindó certeza (…) sobre el criterio utilizado para localizar los datos de las 83 órdenes de aprehensión”, se leyó en la nota informativa INAI/014/23.
En abril de 2024, el INAI también hizo un llamado a “buscar y, en su caso, dar a conocer los informes presentados por la Presidencia de la Comisión para la Verdad y el Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa, en agosto de 2022 y septiembre de 2023, así como sus anexos y cualquier documento de soporte utilizado para su emisión”.